L'accord de partenariat entre la France et le Tchad a été signé en janvier 2006.

Le soutien d'ESTHER au Tchad s'est orienté en premier lieu vers le renforcement des capacités de prise en charge thérapeutique de l'Hôpital Général de Référence Nationale (HGRN), puis au niveau de l'hôpital régional de Moundou. Afin d'assurer une prise en charge globale et le continuum des soins apportés au patient, l'appui d'ESTHER s'est élargi aux initiatives de la société civile tchadienne avec un soutien à AMASOT, puis aux associations regroupées au centre Djenandoum Naasson de Moundou.

Pour éviter une rupture de stock d'ARV au Tchad au mois de septembre 2005, le GIP ESTHER a mis à la disposition du pays un stock d'urgence permettant pendant deux mois de pallier à une rupture en ARV.

En 2008, le Collectif associatif de Ndjamena a été lancé afin de développer l'appui psychosocial des PVVIH. 20 conseillers psychosociaux travaillent en 2009 au sein de l'HGRN . Il s'agit d'un projet pilote, qui doit être reproduit à l'échelle du Tchad par la mise en oeuvre de la proposition tchadienne FM Rd8.

Fin mai 2009, la collaboration, entre le Ministère de la santé tchadien, l'Agence Française de Développement et le GIP ESTHER s'est concrétisée. Un projet d'appui à la lutte contre le VIH pour les 3 ans à venir, dont ESTHER est l'opérateur, a été signé en juillet 2009 par le Directeur de ESTHER, le Ministre de la Santé et le Président de la République du Tchad.